El uso extensivo de algunos pesticidas puede tener (y de hecho ha tenido) efectos colaterales desastrosos para el medio ambiente. Estos pesticidas son muy persistentes y resistentes a la degradación biológica y se distribuyen por todo el mundo, contaminando áreas a gran distancia de las regiones agrícolas.
La Unión Europea sigue tomando cartas en el asunto y parece que la nueva ley acordada entre el Parlamento Europeo y el Consejo de Ministros de la Unión Europea sobre productos pesticidas será aún más restrictiva. Las propuestas legislativas acordadas son, una sobre la autorización de pesticidas y otra acerca de su utilización. Se establecerá una lista positiva de sustancias activas para toda la UE y los pesticidas serán aprobados por las autoridades nacionales basándose en esa relación.
El acuerdo establece la prohibición de ciertas sustancias altamente tóxicas, sobre todo aquellas «cancerígenas o dañinas para la reproducción, a no ser que sus efectos en la práctica sean leves. Las sustancias que tengan efectos neurotóxicos durante el crecimiento o que afecten al sistema endocrino se prohibirán si se considera que entrañan un riesgo significativo para la salud.
Si una sustancia es necesaria para combatir un problema grave fitosanitario, se estudiará la posibilidad de aprobarla por un periodo de cinco años aunque no cumpla los criterios de seguridad.
El acuerdo prohíbe también la pulverización de cultivos con pesticidas, aunque con excepciones. Por su parte, los gobiernos deberán vigilar que se tomen medidas apropiadas para proteger el medio ambiente acuático y los canales de agua potable de las consecuencias de estas sustancias.
También se establece la prohibición o la reducción al mínimo del uso de fitosanitarios en parques, jardines, zonas recreativas o deportivas, recintos escolares o en las proximidades de las infraestructuras de salud pública.